《蜀汉英杰传6.3》的剧情从关羽走麦城开始出现分支，会分裂诸葛亮剧情和刘备剧情，在这之前的剧情大概占到整个游戏的一半。最开始的五个关卡基本就是给玩家熟悉游戏用的，难度不大，几乎不用太过讲究过程。
这前五关为序章分别是：黄巾讨伐战、颍川讨伐战、阳城歼灭战、汜水关之战、虎牢关之战。
1. 黄巾讨伐战
胜利条件：歼灭所有敌军
失败条件：刘备阵亡或超过25回合
重要对话：刘备对裴元绍（战后入队），条件是裴元绍HP<100
本关物品：每一个鹿砦、兵营、城池都有恢复类药品，右下宝物库有春秋左氏传
出战人员：本关只有刘关张，并佩戴专属宝物武器，对战斗帮助很大
出战敌将：程志远（重骑兵）、邓茂（黄巾军）、裴元绍（短弓兵）
战斗流程：正常推进即可，由于人员较少不建议分兵，注意夺取宝物库，想要获得所有物品就需要多考虑行动顺序和占位了，记得多存档。
2. 颍川讨伐战
胜利条件：击败张梁、张宝
失败条件：刘备或者曹操阵亡，超过20回合
本关物品：没有宝物，都是恢复类药品
出战人员：队伍内只有4人，可以全部出战
出战友军：曹操（群雄），骑兵（重骑兵）*2
出战敌将：张宝（道士）、张梁（力士）、程志远（重骑兵）、邓茂（黄巾军）
战斗流程：本关是营地进攻，营门口的四个敌人被消灭两个后左右两侧会出现伏兵，6个黄巾军，进入营地后曹操会带两个骑兵出现在左上角村庄，要想拿到所有物品此时开始就要控制灭敌速度，太快了物品拿不全，太慢了曹操容易被砍死。
3. 阳城歼灭战
胜利条件：击败张角
失败条件：刘备阵亡，或超过25回合
武将单挑：关羽-程志远，张飞-邓茂
本关物品：恢复类药品，胜利后处理孙坚送上的古锭刀，还奖励太平要术
重要提示：孙坚未撤退会送上古锭刀
出战人员：队伍内只有4人，可以全部出战
出战友军：孙坚（群雄），黄盖（武术家），程普（江东骑），水寇（海盗）*2
出战敌将：张角（幻术师），张宝（道士）、张梁（力士）、程志远（重骑兵）、邓茂（黄巾军）
战斗流程：城外时按部就班即可，注意触发单挑，可快速解决程志远和邓茂，接近城门处会出现伏兵（6个黄巾军），入城后张角会施法夺去我军和友军所有人员部分HP和MP，多利用孙坚的古锭刀，攻击后会将敌人击退一格，让出被占领的城池、军营，方便我军占领获取物品。
4. 汜水关之战
胜利条件：歼灭所有敌人
失败条件：刘备或者关羽阵亡，回合数超过20
重要事件：刘备对话华雄习得“自动提升防御”；关羽单挑华雄习得“忽视攻击20%”
本关物品：恢复类药品，胜利后奖励“八宝琉璃弓”
出战人员：全体出战
出战友军：孙坚（群雄），黄盖（武术家），程普（江东骑），曹操（群雄），夏侯惇（裨将），夏侯渊（短弓骑），袁绍（群雄），孔融（策士），陶谦（医师），步兵（轻步兵）*3
可控友军：公孙瓒（白马骑）
出战敌将：华雄（勇将），李儒（策士），李傕（西凉轻骑），郭汜（西凉轻骑）
战斗流程：开战前陈到（重步兵）加入，刚加入的陈到已经是二转兵种，按部就班推进即可，注意的是要先触发刘备与华雄对话，再触发关羽跟华雄单挑，友军会分批分次投入战斗，要想拿到全部物品，需要控制好攻击节奏，友军还是很猛的。
5. 虎牢关之战
胜利条件：打败董卓或全检敌人
失败条件：刘备阵亡或超过30回合
本关物品：恢复类药品，马腾不死送两个敏结果
出战人员：全员出战
出战友军：孙坚（群雄），曹操（群雄），夏侯惇（裨将），夏侯渊（短弓骑），曹仁（都尉），袁绍（群雄），袁术（群雄），孔融（策士），陶谦（医师），公孙瓒（白马骑），马腾（西凉轻骑）
出战敌将：董卓（西凉轻骑），李儒（策士），李傕（西凉轻骑），郭汜（西凉轻骑），吕布（战神），张辽（统军），高顺（西凉轻骑），魏续（重骑兵），侯成（轻步兵）
战斗流程：简雍（道士）会在本关战前加入，张辽，高顺，魏续，侯成四人所在的两个方队会主动出击，最好先消灭再触发吕布主动出击，我军或友军超过宝物库吕布就会主动出击，吕布出击后快速触发“三英战吕布”，顺序跟小说一样，张飞-关羽-刘备，之后吕布回城不再主动出击，我方前进道吊桥处，会引出伏兵，一共12个敌人，之后慢慢推进即可，如果想全灭敌人，用好裴元绍。
总体来说前五关里只有虎牢关之战比较难，强力敌将较多，特别是张辽和吕布，消灭他俩就依靠裴元绍吧，伤亡会少一些。之后进入第一章节，刘备开始流浪生活。
